Los antibióticos se utilizan para eliminar las bacterias y evitar que las infecciones se propaguen, pero también pueden ocasionar una supresión del sistema inmunitario y reducir los síntomas de la hidradenitis supurativa. Cuando se utilizan para tratar la HS, se toman durante un periodo de tiempo prolongado.
Pueden aplicarse directamente sobre la piel (antibióticos tópicos) o tomarse por vía oral en forma de comprimidos (antibióticos sistémicos).